STAR 2 Geliyor ! Star 2 Ne zaman Yayında? Star 2 Turksat Frekansı

STAR 2 Geliyor ! Star 2 Ne zaman Yayında? Star 2 Turksat Frekansı

Türk Telekom Mobil Avea AHLAN Tarifesine Herkes Geçebiliyormu?Ahlan Avea Tarifesi Özellikleri

Türk Telekom Mobil Avea AHLAN Tarifesine Herkes Geçebiliyormu?Ahlan Avea Tarifesi Özellikleri

En güncel ücretsiz free Nisan 2017 iptv adresleri

En güncel ücretsiz free Nisan 2017 iptv adresleri

Sony Çocuk Kanalı 22 Nisanda Türksatta Yayında? Sony Çocuk Türksat Frekansı Burada

Sony Çocuk Kanalı 22 Nisanda Türksatta Yayında? Sony Çocuk Türksat Frekansı Burada

Next Ve Next Star Serileri NİSAN 2017 Güncel Softcam Dosyaları

Next Ve Next Star Serileri NİSAN 2017 Güncel Softcam Dosyaları

Dizilenmiş Genomlar Nasıl Depolanır ve Paylaşılır?
  • Ana Sayfa » Bilim
  • 15 Şubat 2017 - 17:40:11
Dizilenmiş Genomlar Nasıl Depolanır ve Paylaşılır?

Şubat 15th, 2017 Sevkan Uzel Biyoloji, Genetik, Soru-Cevap 0 comments Rastgele Yazı Dünya Üzerindeki Yaşamın Sonu Nasıl Gelecek? Sperm Sağa Dönmek İçin Boynunu Kıvırmak Zorunda T. rex’in otobur dinozor eşi keşfedildi Bir genom dizilendikten, birleştirildikten ve notlandıktan sonra, herkesin kolayca ve özgürce erişebileceği biçimde paylaşılması gerekir. Genom görüntüleyici (İng. browser) olarak adlandırılan bir veri tabanı […]


Şubat 15th, 2017 Biyoloji, Genetik, Soru-Cevap 0 comments

Dizilenmiş Genomlar Nasıl Depolanır ve Paylaşılır?

Bir genom dizilendikten, birleştirildikten ve notlandıktan sonra, herkesin kolayca ve özgürce erişebileceği biçimde paylaşılması gerekir. Genom görüntüleyici (İng. browser) olarak adlandırılan bir veri tabanı sayesinde bu gerçekleştirilir.

Genom Görüntüleyici Nedir?

  • Genom görüntüleyici, genomik verilerini göstermede kullanılan bir çevrimiçi (İng. online) grafiksel arayüzdür.
  • Bir genom dizilimi birleştirildikten ve notlandıktan sonra, eldeki bilgilerin bir veritabanına yüklenmesi gerekir. Böylece dünyanın her yanında bulunan araştırmacılar arasında bilgi paylaşımı gerçekleşebilir. Bu verilerin görselleştirilmesi ise bir genom görüntüleyici ile sağlanır.
  • Bilimsel araştırmaları dünya çapında desteklemek ve ilerletmek açısından, veriyi bu şekilde özgürce erişilebilir ve kolayca görüntülenebilir yapmak çok önemlidir.
  • Genom görüntüleyicilere örnek olarak şunlar verilebilir:
    • Ensembl, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü (EBI), Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) ve Wellcome Trust Sanger Enstitüsü ortaklığında yürütülen bir projedir.
    • UCSC, Kaliforniya Üniversitesi Santa Cruz Kampüsü merkezli bir genom görüntüleyicidir.
    • A.B.D. Maryland’de bulunan Ulusal Biyoteknoloji Enformasyon Merkezi’nin (NCBI) map viewer adlı görüntüleyicisi de genom haritalama ve dizileme verileri sağlar.
  • Ensembl 1999’da hazırlanmıştır; yani İnsan Genomu Projesi tarafından insan genomu verisinin ilk taslağı yayınlanmadan hemen önce.
  • İnsan genomunun yayınlanmasından 15 yıl sonra şu anda Ensembl notlanmış ve depolanmış olan yaklaşık 80 genoma sahip. Bunların çoğu omurgalılara ait ama aralarında üç tane omurgasız da (meyve sineği, maya ve kurtçuk) var. Ensembl’ın kardeş projesi olan Ensembl Genomes, daha fazla sayıda omurgasızı  kapsıyor: Metazoanlar, bitkiler, mantarlar, protistalar ve bakteriler.
  • UCSC ise 2001’de hazırlandı. İlk başta amaç insan genomunun dizilim taslağını görüntülemekti.
  • Genom görüntüleyicilerin ilk ortaya çıkış amaçları, insan genomu dizilimini görüntüleyebilecek bir platform oluşturmak ve insanların DNA dizilimini kendi başlarına inceleyip çözümleyebilmelerine olanak sağlamaktı.
  • Farklı genom görüntüleyiciler, veriyi tutarlı ve tekbiçimli sunmakta olduklarından emin olmak için veri ve fikir paylaşımı yaparak, elele vermişlerdir.
  • Ensembl, UCSC ve NCBI’ninki gibi götüntüleyiciler üzerinden bilgi ücretsiz ve sınırlama olmaksızın herkes tarafından görüntülenebilir. Tek önkoşul, internet bağlantısı olmasıdır!

Hangi Verilere Erişilebiliyor ve Görüntüleyicide  Nasıl Görünüyor?

  • Ensembl ve UCSC gibi genom görüntüleyiciler, renkli ve etkileşimli grafikler kullanarak, karmaşık veriyi bütüncül biçimde sunar.
  • Genom görüntüleyicilerin çoğundaki görüntünün temel yapısı, genom dizilimini ekran boyunca yatay olarak göstermek ve belirli elemanların belirli renkler ve şekiller ile temsil edilmesi biçiminde olur.

  • Görüntüleyicide, her canlı türünün kendi sayfası vardır. Böylece ilgilendiğiniz türün DNA dizilimini görüntüleyip indirebilir ve genom hakkındaki daha ayrıntılı incelemeleri gerçekleştirebilirsiniz.
  • Veri, genomu hangi açıdan izlemek istediğinize bağlı olarak açılıp kapatılabilen “veri izleri” şeklinde tutulur. Örneğin protein hizalanmalarını, genetik varyantları, genleri ve başka şeyleri görüntüleyebilirsiniz.
  • Genomun belli bir genini veya bölgesini bulmak için kullanıcının genin adını (örneğin BRCA1) veya genomik koordinatları kullanarak kromozomdaki belli bir konumu (17:43044295-43125483 gibi) girmesi yeterlidir.
  • Bir geni tek bir tür dahilinde çözümleyip bilgi almanın yanı sıra, farklı türlerdeki genler ve genomik bölgeler de kıyaslanabilir.
  • Genetik varyasyonlar incelenerek, belirli hastalıkların veya özelliklerin ilişkili olduğu genetik varyasyonların, kromozomların neresinde bulunduğu anlaşılabilir.
  • Kromozomların genel görünüşlerine bakılabilir veya yaklaşarak DNA baz dizilimleri incelenebilir (A, C, G ve T).

  • Mevcut genomik veri miktarı, hangi türle ilgilendiğinize bağlı olarak değişir. En bol veri, tahmin edebileceğiniz gibi insan türüne ilişkindir. Aardvark ise henüz hakkında çok az genomik veri bulunan bir canlı türüdür.

Aardvark

Veri Ne Sıklıkta Güncelleniyor?

  • Ensembl, iki-üç ayda bir veritabanının yeni sürümünü yayınlıyor.
  • Veri güncellemelerinin yanı sıra, genom görüntüleyiciler verileri görselleştirmek için yeni araçlar ve yollar da yayınlıyor.
  • Güncelleme olduğunda, eski sürümler arşivden erişilebilir kalmayı sürdürüyor.
  • Ensembl ve UCSC gibi genom görüntüleyciler sürekli evriliyor. Görüntüleyicilerdeki veri gep değişiyor; o nedenle bunları kullanan kişilerin yeni sürümleri takip etmeleri önemli.
  • Ensembl, görüntüleyicinin kullanıcı dostu, sezgisel ve güvenilir bir arayüz olmasını sağlamaya çalışıyor.

Genom Görüntüleyiciyi Kimler Kullanıyor?

  • Bir genom görüntüleyiciyi verimli şekilde kullanmak için genetiğe ve moleküler biyolojiye ilişkin biraz ön bilgi gerekiyor. Yoksa verinin ne hakkında olduğunu ve arayüzün ne gösterdiğini anlamak pek mümkün olmaz.
  • Ensembl gibi genom görüntüleyiciler farklı bilimci grupları tarafından kullanılıyor:
    • Islak-lab bilimcileri – Doğrudan biyolojik malzeme ile çalışan bilimciler.
    • Biyoenformatikçiler – Genetik/genomik veriler gibi biyolojik verileri toplamak, izlemek ve çözümlemek için matematiksel modeller ve gelişmiş bilgisayar programları yaratan bilgisayar bilimciler.
    • Klinisyenler– Hastalık tanısı için yeni araçların geliştirilmesine yardım etmek amacıyla insan genomunu inceleyeler.
    • Öğretmenler – Moleküler biyoloji ve genetik derslerinin öğretimini desteklemek için görüntüleyicileri kullananlar.

Veriler Nereden Geliyor?

  • Genom görüntüleyicilerdeki veri, çeşitli araştırma projelerinin çalışma gruplarından ve Uluslararası Dizilim Veritabanı Birliği (INSDC), Tekil Nükleotit Polimorfizm veritabanı (dbSNP), DNA Elemanları Ansiklopedisi (ENCODE) ve 1000 Genom Projesi gibi veritabanlarından geliyor.
  • Veritabanına yüklenmeden ve genom görüntüleyicilerde görselleştirilmeden önce veri daha kullanıcı dostu biçimde sunulabilmesi için daraltılıp sıralanıyor.

Genom Diziliminden Genom Görüntüleyiciye Nasıl Geçiliyor?

  • Birleştirilen genom halka açık duruma gelince, genom görüntüleyici “biyolojik kanıt” kullanarak onun notlanmasına başlıyor; yani genleri ve yazımlar belirleniyor.
  • Bu biyolojik kanıt, nükleotit ve amino asit dizilimlerinden geliyor. Hepsi, ilgilenilen organizma için varolan diğer genetik bilgi bağlamına yerleştiriliyor.
  • Bunun için ilk adım, biyolojik kanıtı haritalamak ve organizma için bulunan referans genoma göre hizalamak oluyor.
  • Daha sonra yazılım, dizilimlerin genomun neresinde denk düştüğünü tanımlıyor ve gen yapıları exon lar ve intronlar ile çizilip gösterilebiliyor.

  • Ardından genlerin ne yaptıklarına ilişkin bilgi de ekleniyor; hangi hastalık ya da özellikle bağlantılı oldukları gibi.
  • Temel veri düzenli olarak kontrol edilip değerlendiriliyor.
  • Bu kalite kontrollerini yapmak, yeni veri güncellemelerini geciktirebiliyor. Ancak yüksek standartları korumak için bu çok gerekli bir işlem.
  • Genom diziliminin ve biyolojik verinin alınmasından, görüntüleyicinin yeni sürümünün yayınlanmasına kadar genelde 2-3 ay geçebiliyor.

Kaynak: YourGenome
<http://www.yourgenome.org/facts/how-are-sequenced-genomes-stored-and-shared>


 



Bilim Fili Sitesindeki Bu Haberin Orijinaline Ulaşmak İçin Tıklayınız

  • Etiketler
  • Yorumla
Üye Girişi
  • Kullanıcı Adınız
  • Şifreniz
Yandex.Metrica haberler haberler